Kościół odbudowany został w stylu renesansowym. Po niedawnym pożarze był, jako największy lubelski kościół, miejscem odprawienia mszy dziękczynnej po zawarciu Unii Lubelskiej 1569 roku. Po kolejnym pożarze przebudowano go z  halowego (gotyckiego) w bazylikowy (o nawach różnej wysokości). W ciągu XVII i XVIII wieku dobudowanych zostało aż sześć kaplic, z których do dziś ocalała tylko jedna. W początkach XIX wieku zbudowano jeszcze klasycystyczną fasadę. W 1864 roku  nastąpiła kasata zakonu, a od roku 1884 świątynia funkcjonuje jako kościół parafialny.

Obok kościoła (przy Dolnej Panny Marii 3) mieści się XVII -wieczny pałac Tarłów, w którym dziś mieści się Wojewódzki Ośrodek Kultury w Lublinie.

Ulica Bernardyńska po minięciu kościoła pobernardyńskiego zamienia się w podłużny Plac Wolności.