Obecny budynek kościoła powstał w wyniku dwóch zasadniczych faz budowy.

Najpierw około 1575 roku na fundamentach zniszczonej gotyckiej świątyni nowy, powiększony kościół ufundował biskup Jakub Uchański (najbardziej znany z rodu właścicieli Uchań, który zrobił oszołamiającą karierę, zostając w końcu, w 1562 roku, prymasem Polski). W nowej budowli wykorzystano częściowo fragmenty wcześniejszego, gotyckiego budynku (dotyczy to zwłaszcza prezbiterium oraz, częściowo, zakrystii).

Pomiędzy dwoma fazami budowy kościoła, około 1590, umieszczono w nim dwa późnorenesansowe, piętrowe, kamienne nagrobki Uchańskich: nagrobek Arnolfa Uchańskiego i jego syna Stanisława oraz nagrobek Pawła Uchańskiego.

Drugą fazę stanowiła rozbudowa i generalne przekształcenie budynku w pierwszej ćwierci XVII  wieku, dokonane na polecenia kolejnego właściciela Uchań, Mikołaja Daniłłowicza, podskarbiego wielkiego koronnego. Tę przebudowę przeprowadził murator Jan Wolff, być może według projektu Jana Jaroszewicza. Syn fundatora, Jan Mikołaj, starosta chełmski, około 1625 roku dokończył budowę kościoła i zapewnił mu przebogaty wystrój, między innymi powstała późnorenesansowa dekoracja stiukowa wnętrza w tak zwanym typie lubelsko-kaliskim. Z tej drugiej fazy budowy kościoła pochodzą dwie identyczne kaplice dobudowane do prezbiterium: południowa - św. Anny, i północna - Matki Boski Łaskawej.

Niestety, już wkrótce, bo w połowie XVII wieku kościół został zniszczony przez Kozaków, a potem przez Szwedów. Później, mimo prób odbudowy, w XVIII wieku budynek coraz bardziej chylił się ku upadkowi, między innymi został zniszczony przez pożar. Sytuację zmienił dopiero generalny remont na przełomie XIX i XX wieku, powtórzony w połowie wieku XX, a kolejny remont przeprowadzono w roku 1975.  W efekcie kościół powrócił do stanu świetności i stanowi dziś perłę architektury wschodniej Lubelszczyzny.