W Parku utworzono sześć rezerwatów przyrody:

• "Jezioro Orchowe" chroni 7 hektarowe i bardzo płytkie jeziorko, znajdujące się 2 km od Sobiboru. Wśród rosnących tu rzadkich roślin występują trzy gatunki owadożernych rosiczek.
• "Magazyn" zajmuje 52 ha, obejmuje bezodpływowe bagno (zasilane opadami, wodę traci tylko przez parowanie), unikalna roślinność bagienna najpiękniej prezentuje się na przełomie lata i jesieni.
• "Żółwiowe Błota" - to w tym liczącym ponad 734 ha rezerwacie, jak wskazuje jego nazwa, żyją żółwie błotne. To jedyny żyjący w Polce w środowisku naturalnym gatunek. Do niedawna był zagrożony wyginięciem. Trudno go zaobserwować - jest bardzo czujny i płochliwy. Rezerwat obejmuje "podwójne", połączone cieśniną, jezioro Spólne(Spilno)-Koseniec (rozległe - ponad 110 ha, ale płytkie na 4m), zarastające i niedostępne. Obok znajduje się jezioro Perespa (Pereszpa/Perespilno) - mniejsze (24 ha) i niewiele głębsze (6m), częściowo dostępne, z piaszczystym brzegiem.
• "Małoziemce" obejmują powierzchnię liczącą 38 ha, chronią kolonię łęgową czapli siwej. Łatwo trafić do rezerwatu po hałasie jaki wzniecają ptaki.
• "Trzy Jeziora": przy południowej granicy parku, obok miejscowości Stulno, wewnątrz granic 750 hektarowego rezerwatu, znalazły się jeziora Płotycze (21 ha) i Brudno (42 ha), otoczone torfowiskami. "Brakujące" trzecie jezioro to Brudzieniec.
• "Brudzieniec" - na terenie tego jeziora utworzono sąsiedni rezerwat, przylegający do "Trzech Jezior". Są tu żeremia bobrów.

Tuż przy północno-wschodniej granicy Parku, nad Bugiem, leży miejscowość Sobibór, od którego  Park przyjął nazwę. Kilka kilometrów obok, bliżej centrum Parku Krajobrazowego, leżą stacja kolejowa (na linii Włodawa- Chełm) i Muzeum Byłego Hitlerowskiego Obozu Zagłady w Sobiborze.